C'est l'histoire de Teito Klein, un jeune homme ayant perdu la mémoire. Celui-ci, qui fréquente une académie militaire dans l'empire de Barsburg, a du passer l'examen final pour devenir militaire. Etant esclave auparavant, ses camarades se moquaient toujours de lui. Il arrive cependant à ouvrir son coeur à une personne, son meilleur ami Mikage, avec qui il a passé l'examen. Il reussi avec brio cet examen, et fait parti, avec Mikage, des 19 reçus de cette année. Mais le jour de la remise des diplôme il commence à ce remémoré des partits de son passé dont la mort de son père et quand il reconnu son meurtrier parmi les gradé venu assisté à l'examen final il "pète les plonds"...

Certaines familles puissantes possèdent des pouvoirs issus des éléments leur permettant de lutter contre les démons. Cette magie détenue par des humains est le résultat d'un contrat les liant aux seigneurs des esprits. La famille du jeune Kazuma Kannagi est depuis 300 ans spécialisée dans la maitrise du feu (technique d'En-jutsu). Toutefois, ce dernier n'ayant aucun talent dans ce domaine, il est battu, sans effort, par sa cousine Ayano Kannagi lors de la cérémonie de succession. La jeune Ayano se voit remettre l'épée sacrée du feu "Enraiha" tandis que Kazuma s'exile, renié par son père pour son incapacité à user de l'En-jutsu.

L'histoire débute 4 ans après cet évènement. C'est le retour de Kazuma ! Durant ce laps de temps, il s'est initié à l'art du vent (technique de Fu-jutsu). Sa maitrise est telle qu'il est devenu un contractor (et de ce fait un Kaze no stigma). L'esprit du vent lui ayant confié le contrôle de l'air.
Suite à son retour, des morts mystérieuses surviennent parmi les membres du clan Kannagi. L'intrigue commence donc à se nouer. Une atmosphère de vengeance et de pouvoir se dévoile. Est-ce celle de Kazuma ? Ou bien, la réminiscence de haines issues du passé ? Ayano acquerra-t-elle le pouvoir suffisant pour devenir digne héritière du clan Kannagi ? Et quelle est cette mystérieuse détective enquêtant sur les phénomènes liés aux jutsu ?

Nanami Takahashi, jeune fille au cœur à fleur de peau, arrive au lycée. Au sein de tous ces gens inconnus venant de collèges variés se trouve un garçon, Motoharu Yano. Idol de toutes les filles de son ancien collège, il se retrouve adjoint chef de classe, Nanami prenant la place de chef. Les deux font alors connaissance et Nanami tombe amoureuse de ce jeune homme toujours souriant, si insouciant... malgré un passé qui ne le fut pas.

Rokuju Miharu mène une vie de lycéen banal jusqu’au jour où il se fait attaquer par un groupe de ninjas qui en a après un hijutsu (technique caché) renfermé dans son corps. Cet hijutsu est le pouvoir de création, convoité par tout ninja ayant l’ambition d’imposer sa volonté sur tous ces combattants de l’ombre.

Par la force des choses, Miharu rejoint le club de ninjustu fondé par l’un de ses camarades nommé Kouichi Aizawa et son professeur d’anglais, Mr. Kumohira, deux ninjas qui ont pour mission de le protéger.

Un long combat attend notre jeune héros Miharu avant qu’il ne soit en pleine possession de ses pouvoirs afin de devenir le maitre du Nabari.

Rikugô Tokidoki est un collégien ordinaire bien que peu sociable. Alors qu'il vient de rater son examen d'histoire, il entreprend la visite virtuelle du Japon à l'ère Edo.
Dans le grand complexe ultra-moderne qui abrite l'exposition, il va faire la connaissance de Shimonome Kon qui va lui servir de guide. Mais notre héros va se perdre et, au moment où il s'apprête à traverser un pont, il va se faire attaquer par un étrange pantin (en fait un Yakou) chevauchant une bête féroce (un Nue). Toki ne devra son salut qu'à l'intervention d'une jeune fille mystérieuse et manieuse de sabre hors-pair : Kuchiha.
En reprenant conscience le jeune homme se rend compte qu'il a été transféré dans un monde parallèle identique à celui de la période Edo. Il va y retrouver Kon dans cet univers bien étrange où s'affrontent les forces mystiques et démoniaques...