Le récit se déroule dans le Japon de l'ère "Sengoku", en pleine période de guerres civiles. Un rônin sans nom sauve un jeune orphelin, Kotarô, et son chien Tobimaru, lors d'un incendie. Pendant ce temps, une mystérieuse milice venue de Chine recherche Kotarô dans le but de l'utiliser pour accomplir un rituel occulte procurant la vie éternelle. Parmi eux se trouve Luo-Lang, un bretteur émérite assoiffé de combats aux ordres du seigneur de guerre Bai-Luan. Kotarô engage alors le rônin sans nom comme garde du corps en échange d'une pierre précieuse qu'un moine lui a donné, et ils décident de faire route ensemble. A partir de cet instant, leurs destins vont être inexorablement liés. Débute alors une émouvante histoire d'amitié entre deux individus ayant connu de nombreuses tragédies dans leurs vies personnelles : un samouraï sans maître et sans nom qui a juré de ne jamais retoucher à un sabre, et un jeune garçon qui a perdu ses parents.

Les claymore sont des guerrières mi-humaines mi-démones auxquelles font appel les villageois pour se protéger de monstres antropophages. Craintes et redoutées, on les distingue à leurs yeux argentés et à l'épée gigantesque qu'elles portent sur le dos.
Claire est l'une d'elles. Appelée dans un village pour éliminer les démons qui attaquent et dévorent la population, elle tue l'avant-dernier membre, devenu monstre, d'une famille déjà décimée. Le dernier survivant, Raki, banni des siens, décide alors de la suivre dans ses aventures sanguinaires. Il découvrira peu à peu les secrets et le destin tragique de ces femmes singulières.

Chaos Head se passe à Tokyo en 2008 et est centré sur Takumi Nishijō, un lycéen à l’académie de Suimei ainsi que sur des évènements étranges qui se passent dans le voisinage de Shibuya. Deux évènements de grande ampleur ont reçu le nom d’évènements New Generation par les médias. Le premier est “Le plongeon en groupe” (Shuudan Daibu) où le 7 septembre, cinq lycéens se sont donnés la mort en sautant d’une haute tour. Le second évènement est appelé “L’homme enceinte” (Ninshin Otoko) où le 19 septembre, un étudiant fut retrouvé mort avec un foetus vieux de 32 semaines à l’intérieur de son abdomen.
Takumi va se retrouver impliqué dans ces évènements New Generation après une session de chat sur internet.

Durant tout leur vie, Souichirou Nagi, et Bob Makihara on été capable d’occuper plusieurs lycée en battant tout les élève. Dès leur premier jour au lycée Todou, ils commencent à se battre jusqu’à l’arrivé de Maya Natsume et Masataka Takayanagi …. C’est là qu’ils se rendent compte qu’ils sont arrivée dans un lycée pas comme les autres. Ils subissent une deuxième punition, du club des exécuteurs dirigé par Mitsuomi Takayanagi pour avoir enfreint les règles dès leur arrivée… Désespérés, abattus, ils décident de rejoindre le cub Jukken de Maya Natsume, seul club qui résiste aux exécuteurs. Ils vont dès lors s’entrainer et chercher à exploiter leur potentiel rarement vu, pour devenir plus forts … D’autant plus qu’une histoire lourde pèse sur le club Jukken, lié au défunt Natsume Shin, créateur du club et grand frère de Maya.

Kenichi Shirahama est un lycéen victime des ses camarades il est surnommé FUNUKEN (signifie Lâche + Ken abréviation de Kenichi).
Un jour alors qu'il se rendait au lycée il fait la rencontre de Fuurinji Miu, une nouvelle arrivante et également experte en Arts Martiaux. Plus tard dans la journée, Kenichi se fait défié par Daimonji à son club de Karaté dont le perdant doit quitté le club, Daimonji est considéré comme le plus fort du club. Kenichi étant le plus faible du club, il est destiné à partir du club.
La nuit du même jour, un homme âgé se fait agressé par un bande de voyous; Kenichi tente de le défendre seulement il se fait balayer d'un seul coup. Miu voyant la scène intervient donc et leur inflige une correction. C'est à partir de là que Ken-chan rejoint le dojo où s'entraine Miu "Le Ryouzanpaku" afin de gagner son défi et battre Daimonji.
Seulement ce dojo est quelque peu spécial, les maîtres, tous experts dans un art martial précis, et ayant des caractères dès fois plus que troublant refusent tous de l'entrainé à part un. Arrive là un entrainement que l'on peut qualifier de plus que douloureux.
Peu de temps après, Kenichi arrive tant bien que mal à battre Daimonji grâce à l'enseignement de son maître.
Peu à peu, les autres maîtres prennent goût à l'entrainement de Kenichi et décident d'y participer. Cependant suite à sa victoire contre Daimonji, Kenichi attire désormais les gangs dont le plus puissant qui domine la région RAGNAROK...