Bien qu'il n'ait que seize ans, Ranma est déjà un expert en arts martiaux. Depuis sa plus tendre enfance, il a été élevé par son père, Genma. Il s'est même rendu avec lui en Chine pour se perfectionner. Malheureusement, là-bas, ils sont tous les deux tombés dans des sources magiques. Ils possèdent deux identités désormais. Au moindre contact avec l'eau froide, Ranma devient une charmante fille rousse tandis que son père se métamorphose en énorme panda. La seule solution pour qu'ils retrouvent leur état normal est de se mouiller avec de l'eau chaude. De retour de Chine, les deux voyageurs se rendent chez Soun Tendo et sa famille. Soun et Genma avaient convenu qu'une des trois filles Tendo épouserait Ranma. Le sort tombe sur la cadette, Akane. Un des problemes, c'est qu'elle et Ranma ne s'entendent pas du tout. Ils n'ont aucune envie que leurs pères décident de leur avenir.

L'anime s'intéresse à l'évolution des relations entre ces deux personnes. L'histoire se complique cependant très rapidement avec l'arrivée d'autres personnages dont beaucoup sont aussi amaphrodites.

Deux charmants bambins jouent dans un bac à sable, un petit garçon et une petite fille. Très amis, ils se promettent d'entrer ensemble à Todai, la prestigieuse université japonaise, lorsqu'ils seront grands. Peu de temps après, la petite fille quitte la ville en laissant derrière elle le petit garçon Keitaro Urashima, qui ne conserve d'elle, comme souvenir, que cette promesse.

A 20 ans, Keitaro s'accroche toujours à ce souvenir et tente d'entrer à Todai. Plutôt nul comme tombeur, il n'a jamais eu de succès auprès des filles et porte ses derniers rêves sur ses retrouvailles à Todai avec sa promise, dont il est incapable de dire le nom. L'espoir qu'elle l'y attende est mince mais il y croit dur comme fer, même si Todai est sans doute un mauvais choix d'université pour lui, vue qu'il est nul en classe et qu'il a déjà raté le concours d'admission par deux fois.

Pour l'instant, le soucis de Keitaro est de trouver un logement pour ne pas retourner vivre avec ses parents qui le poussent à abandonner Todai. Il se rend à Hinata Inn, la pension de sa grand-mère. Dans cette pension pour jeunes filles, au premier contact, les quelques locataires le prennent pour un voyeur et lui en font voir de toutes les couleurs. Il est sauvé in extremis par sa tante, Haruka, qui habite près d'Hinata Inn et vient voir les pensionnaires, en l'absence de la grand mère partie faire le tour du monde.

Malgré de nombreuses gaffes et plusieurs malentendus, Keitaro arrive à se faire accepter au sein de la pension dont il devient le gestionnaire officiel. Il vit une aventure quotidienne étant donné le profile très excentrique de certaines locataires telles que Motoko, la kendoka irrascible, ou encore Kaola, géniale inventeuse et source de catastrophes. Une des filles, Naru Narusegawa, passe aussi le concours d'entrée à Todai et elle ne laisse pas Keitaro insensible, même si leurs relations deviennent vraiment exécrables par moment.

Pendant l’ère Edo, la jeune Fuu mène une vie difficile en tant que serveuse dans un petit restaurant, où surgissent deux inconnus : le premier est Mugen, dix neuf ans, un aventurier adepte de la bagarre et doué au sabre, malgré sa dégaine de simple voyou. Monnayant son aide contre un nombre conséquent de repas à l’œil, il occis en deux temps trois mouvements les hommes de main du caïd local qui cherchait des noises à Fuu. Le deuxième inconnu est Jin, vingt ans, à l’allure beaucoup plus noble, tel un samouraï mais tout aussi expert au sabre que Mugen. Jin s’est illustré en annihilant la garde d’élite du magistrat de la ville, qui tourmentait un brave homme.

Au restaurant, Mugen est excité de rencontrer un adversaire à sa hauteur et provoque Jin en duel. Jin relève le défit et les deux hommes mettent à sac les lieux pendant leur combat. Ils sont finalement maîtrisés et arrêtés par les autorités, qui s’empressent de les juger sommairement et d’organiser leur exécution. Ceci n’est qu’une mauvaise passe et les deux hommes arrivent à faire taire temporairement leur divergence pour s’échapper, avec l’aide modeste de Fuu, qui revendique le fait de les avoir sauvé et exige d’eux qu’ils lui payent leur dette en retour.

Bien qu’ils se regardent encore en chiens de faïence, Fuu les convainc tous les deux de l’accompagner dans son voyage, à la recherche d’un mystérieux samouraï qui sent le tournesol.