Pendant la guerre du Vietnam, une jeune fille armée d'un sabre massacra tout sur son chemin, que ce soit d'étranges monstres, des soldats américain ou des villageois.
Aujourd'hui encore dans le monde moderne, une guerre particulière entre deux groupes continue d'exister.
Le premier groupe est composé de montres appelés "Chiropterans", capables de prendre une apparence humaine. Ils se nourrissent du sang des êtres vivants.
Face à cela s'est formé le second groupe, une organisation connue sous le nom de "Red Shield", traquant et exterminant ces monstres depuis des années.
Au milieu de tout cela vie paisiblement Saya Otonashi, une jeune lycéenne qui s'entraîne pour une compétition d'athlétisme. Elle vit avec son père et ses frères mais ne se souvient pas de son passé au delà d'un an.
Un soir, un Chiropteran va faire son apparition, de même qu'un mystérieux allié, mettant ainsi fin à la paisible vie de Saya et réveiller la guerrière qui est en elle !