Nous nous situons en Angleterre d’où vont commencer les aventures de la une jeune Lydia Carlton, 17 ans. Profession : Docteur des fées. C'est un don qu'elle a hérité de sa mère et qui lui permet de voir et de communiquer avec les fées.
C’est en faisant un voyage en direction de Londres pour rejoindre son père qu’elle va faire la rencontre du séduisant Edgar J.C. Ashenberg. En apprenant que ce dernier est à la recherche d'un trésor qui s'avère être une épée légendaire, Lydia se décide, un peu sous le contrainte, de le suivre dans son long voyage. Leur périple va vite se transformer en une fabuleuse aventure, où elle découvrira probablement l’amour.

Sekirei raconte l'histoire d'un jeune lycéen nommé Sahashi Minato dans le Tokyo moderne. Après sa 2ème année consécutive ratée, il ne sait plus ce qu'il doit faire et pense peut-être à rentrer dans son village natal avec sa famille qui l'attend là-bas. Plongé dans ses pensées, il n'entend pas le cri féminin tandis qu'une jolie jeune fille tombe des airs sur lui. Après une petite échappée pour s'enfuir face à deux femmes qui la pourchassait, Minato connaît le nom de la jeune fille : Musubi. Celle-ci se prétend Sekirei et après un baiser ardent, elle lui annonce qu'il est son Ashikabi. Ainsi commence les aventures de Minato dans le monde des Sekireis, toutes aussi jolies les unes que les autres.